有機肥設備的加工過程中，發酵是比較重要的階段，關系著有機肥最終的質量。在有機肥生產設備發酵過程中需要做好一定的管理和注意事項。

 1、有機肥設備發酵過程的管理。
       在發酵過程中，對溫度的控制非常重要，溫度過低，達不到腐熟的標準；溫度過高，堆肥的養分容易損失。溫度達到60度左右時要適當進行翻堆。 
       發酵溫度和時間的要求： 
堆肥結束后，原料就進入第一次發酵階段。它會自動升溫到55℃以上，維持5到7天，這時就能殺死大部分寄生蟲卵和有害菌，達到無害化處理標準。過2到3天左右翻一次堆，這有利于透氣、散熱、腐熟均勻。發酵7-10天后，堆肥內溫度就下降到40℃以下了，這時生物有機肥的顏色變為深褐色或黃褐色，堆肥內部的有機肥表面附有大量的白色菌絲，無臭味并帶有輕微的氨味，這就達到了腐熟標準，就可以直接在田地作基肥或追肥使用了。
       2、發酵過程中應注意的事項 
       用靜態方法制造生物有機肥的過程中，應注意：  
在發酵物表面覆蓋一層10厘米左右的細碎秸稈或撒一層過磷酸鈣，可以減少氨氣的蒸發，避免養分的損失。發酵過程中若遇大風，頂部要覆蓋秸稈等透氣物，以減少水分的蒸發和溫度的散失。畜禽糞便存放時間過長或廄肥中秸稈、雜草較多，糞便較少，可適當加些菜籽粕、尿素或者新鮮畜禽糞便，增加氮的含量，調高碳氮比，加快發酵速度，提高肥料質量。堆肥的pH值應控制在5.5-8.5，如果堆肥pH值低于5.5，就是過于偏酸性了，可適當添加生石灰進行調節。應盡量避免在梅雨季節，露天制造生物有機肥，以免水分太高。